、耐药性由于抗球虫药的长期使用，以及使用方法不当，球虫很容易对一些药物产生耐药性。任何一种抗球虫药在使用一定时间后，都会引起球虫耐药性甚至形成耐药虫株，并对该药同类或作用机理相同的其他药物产生交叉耐药性，选择合理的用药方法，制订正确的用药方案，可以Zui大限度地延长抗球虫药的使用寿命。
（六）、球虫虫株的种类、数量以及寄生部位虫株不同，其致病力也不同，感染数量未达到一定程度，其个体不表现出球虫症状，对中等毒力的虫株而言，感染数量过多时，所产生新的卵囊数却相应减少，称为“相挤效应”，不同虫株有其特定寄生部位，如果寄生部位发生改变其致病力会下降乃至消失。
（七）、与其他病原关系 组织损伤和肠道功能的变化可造成各种有害细菌的入侵和繁殖，在鸡体内大肠杆菌和球虫之间有相互作用。鸡群如受到马立克氏病病毒的感染后，对球虫病的免疫力受到干扰容易引发球虫病；传染性法氏囊病可加剧球虫病，而球虫病会大大加剧传染性法氏囊病的危害作用；球虫病和呼肠孤病毒存在时，鸡发生跗关节疾病的比例比单独发生呼肠孤病毒时大大提高；球虫病和黄曲霉毒素存在时，死亡率可高达60%.研究表明球虫与其他肠道细菌具有协同作用，肠道细菌会起到增强球虫致病力的作用；球虫感染后可使机体对ND，MD，IBD的易感性增强。
二、鸡球虫病的防治
（一）、搞好鸡舍卫生，切断球虫传播途径球虫病的暴发和流行与外界环境密切相关，而温度和湿度是环境因素中的首要因素。自然状态下，球虫病在我国北方一般流行于4～9月的温暖、潮湿季节，7、8月份Zui严重。由于目前养鸡场大都实行集约化生产，人为控制环境的程度越来越高，球虫病季节性流行的规律已不明显，在温暖潮湿的育雏器中，一年四季都有发病的可能。鸡舍内阴凉潮湿、卫生条件不良、饲养管理不善等因素则是造成球虫病的流行的主要诱发因素。如温暖、潮湿的环境有利于卵囊的发育，而圈舍通风、干燥和适当的饲养密度，及时清除粪便，定期消毒等，可有效防止该病的发生。
1.搞好鸡舍卫生，保持地面干净，禽舍(笼)清洁干燥，鸡粪要及时清除，并发酵处理。坚持经常性和定期性消毒工作。
2.对病雏严格淘汰。从种源可靠的禽场进雏鸡或种蛋。康复鸡要和健康鸡群隔离饲养。
3.饲料要保证全价营养、饲料保持新鲜、卫生。适当添加多种维生素，特别是维生素A，增加鸡体抵抗力。
（二）、合理使用药物预防在球虫病高发日龄，使用敏感抗球虫药物是预防该病的重要手段之一。当前使用的抗球虫药，多是抑杀球虫发育史的早期阶段，而出现血便症状时，球虫发育基本完成了无性生殖而开始进入有性生殖阶段，此时用药，只能保护未出现明显症状或未感染的鸡，而对出现严重症状的病鸡，很难收到效果。到了易感日龄(2周以后)或流行季节，应在饲料或饮水中投药进行预防。
