小作坊生产许可证有很多限制，有些产品因为保质期太短这个硬伤，无法满足办理食品生产许可证的要求，只能考虑办理小作坊生产许可证。
除此之外，由于省内小作坊生产许可证只能申请的产品种类很受限制，不能进入超市，不能网络销售，不能跨区域销售，至多能在本县销售，并且小作坊生产许可证的条件其实并不怎么低，一二百平方的生产场地很多时候并不能办理小作坊生产许可证，还有就是现实中很多地方无法受理。
1、许可依据的一般法规和规章等不同：食品企业许可依据的是食品生产许可管理办法，食品小作坊依据的是省食品安全条例。2、申请人的主体资格范围不同：食品企业申请人是企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等均可，小作坊只可以是个体工商户。3、申请许可的食品类别不同：食品企业可申请食品类别32类，小作坊申请类别各省也不尽相同。小作坊一般规模较小，而企业一般规模较大。但是这也不是juedui的，因为在食品安全法中并没有规定食品生产企业的规模，只要符合国家规定，都是可以取得相应的许可。另外生产企业成本较高，所以一般情况下规模是大于小作坊的。食品生产企业因为取得了食品生产许可证才称为食品生产企业，而小作坊并不一定。除此之外食品安全法中并没有规定小作坊的许可，只是要求各省市自行出台管理规定，而部分省份至今没有出台小作坊管理办法。所以有一部分地区的小作坊是处于无许可经营的。
