（一）纳税方式
查账征收
对账证件全、核算准确的个体工商户，税务部门对其实行查账征收税款。按个体工商户年经营所得扣除24000元费用后的余额缴纳，实行5%-35%的超额累进税率；销售商品的缴纳3%增值税，按规定缴纳城建税、教育费附加等，还有缴纳2%左右的个人所得税。如果月收入在5000元以下的（各省有所不同），是免征增值税、城建税、教育费附加也免征12。
核定征收
税务部门对个体工商户一般都实行定期定额办法执行，也就是按区域、地段、面积、设备等核定给一个月应缴纳税款的额度。开具发票金额小于定额的，按定额缴纳税收，开具发票超过定额的，超过部分按规定补缴税款。如果达不到增值税起征点的（月销售额5000- 20000元，各省有所不同），可以免征增值税、城建税和教育费附加12。
（二）优惠政策
与个体户经营相关的部分优惠
个体工商户如果有残疾人员个人为社会提供劳务，经批准可免征营业税；对残疾、孤老人员和烈属本人从事个体工商户的生产、经营所得和劳务报酬所得，报经市县地方税务局批准，给予减征50%- 90%个人所得税的照顾；个体工商户因严重自然灾害造成重点损失的，其生产经营所得，经市县地方税务局确定，可在1 -3年内给予适当减征个人所得税的照顾等2。
与房产税相关的可能优惠（但非专门针对个体户）
国家机关、人民团体、军队自用的房产免征房产税；由国家财政部门拨付事业经费（全额或差额）的单位（如学校、医疗卫生单位、托儿所、幼儿园、敬老院以及文化、体育艺术类单位）所有的、本身业务范围内使用的房产免征房产税；宗教寺庙、公园、名胜古迹自用的房产免征房产税；对非营利性医疗机构、疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构自用的房产免征房产税；老年服务机构自用的房产免征房产税；个人所有非营业用的房产免征房产税等，但如果是注册个体户用于经营则不属于非营业用房产范畴5。